企业销售旧固定资产如何缴纳增值税？

我公司2006年出售一批报废旧固定资产，已经计完折旧，属于到期报废，当时因为疏忽，没有开具发票，也没有申报增值税免税销售收入，但有申报所得税收入，所得税报告也显示该营业外收入，也缴交了所得税，现税务机关要求我公司就该收入补申报增值税，按17%缴交增值税，根据有关规定，销售旧固定资产不超过原值是免交增值税的，税务机关的理由是当时我公司没有开具免税发票，也没有向税务机关申报增值税免税。时间已经超过两年，要补交，请问合理吗？有没有文件依据？我公司能否不缴交该增值税？
《税收征收管理法》第三十五条纳税人有下列情形之一的，税务机关有权核定其应纳税额：（五）发生纳税义务，未按照法规的期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的；（六）纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。
第六十二条纳税人未按照法规的期限办理纳税申报和报送纳税资料的，或者扣缴义务人未按照法规的期限向税务机关报送代扣代缴、代收代缴税款报告表和有关资料的，由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款；情节严重的，可以处二千元以上一万元以下的罚款。
《税收征收管理法实施细则》第三十二条纳税人在纳税期内没有应纳税款的，也应当按照规定办理纳税申报。纳税人享受减税、免税待遇的，在减税、免税期间应当按照规定办理纳税申报。
根据《财政部国家税务总局关于旧货和旧机动车增值税政策的通知》（财税[2002]29号）文件的规定：
一、纳税人销售旧货（包括旧货经营单位销售旧货和纳税人销售自己使用过的应税固定资产），无论其是增值税一般纳税人或小规模纳税人，也无论其是否为批准认定的旧货调剂试点单位，一律按4％的征收率减半增收增值税，不得抵扣进项税额。
二、纳税人销售自己使用过的属于应征消费税的机动车、摩托车、游艇，售价超过原值的，按照4％的征收率减半征收增值税；售价未超过原值的，免征增值税。
旧机动车经营单位销售旧机动车、摩托车、游艇，按照4％的征收率减半征收增值税。
29号文件强调对应税固定资产如何征收增值税的规定，而1995年国家税务总局在印发的《增值税问题解答（之一）》（国税函〔1995〕288号）第十条又针对（94）财税字第026号文件第十条“单位和个体经营者……销售自己使用过的其他属于货物的固定资产，暂免征收增值税”的规定进一步解释到：“‘使用过的其他属于货物的固定资产’应同时具备以下几个条件：（一）属于企业固定资产目录所列货物；（二）企业按固定资产管理，并确已使用过的货物；（三）销售价格不超过其原值的货物。”
根据上述规定，对符合288号文件规定条件属于货物的固定资产是免征增值税的，但是对于免税的固定资产也是要开据发票并进行纳税申报。但是如果不符合288号文件规定条件属于货物的固定资产就是上述29号文件所说的应税固定资产，是要依29号文件的规定缴纳增值税的。
因此，您所述情形我们理解应该分两步处理：首先，销售旧固定资产行为有确凿证据证明确属免交增值税，那应按要求补开发票并进行纳税申报，不需要就该收入缴增值税，但如果稽查部门认为免交增值税的证据有瑕疵的除外；其次就贵公司的不申报行为，必须按征管法第六十二条规定承担相应的罚款。

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