如何理解增值税发票申请开具红字的时限？

我公司收取供应商开过来的增值税专用发票抵扣联的收款人和复核人未填写，由于我公司的发票比较多当时没有审核发现，于当期扫描认证并于当期抵扣。抵扣联于当期申报税时送到税局，税局在后来的审核发票时发现了这张发票，就要求我们做纳税调整（这张发票不允许抵扣），但由于这张发票的开票日距离税局发现时已经超过了90日，所以税局又不允许我们申请开具红字专用发票。例：这张发票的开票日期是2008年1月10日，我们于2008年1月25日扫描认证并于当期申报抵扣，税局在2008年4月20日审核发现了这张发票填写不齐全。由于扫描认证时没有超过90日而且也已经正常认证了，只是后来税局审核发现的那个时点超过了90日，这种情况是否不受补充通知的“因开票有误购买方拒收专用发票的，销售方须在专用发票认证期限内向主管税务机关填报申请单”的认证期限限制，可以申请开具红字发票呢？
《国家税务总局关于修订的通知》（国税发[2006]第156号）规定，一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》，《申请单》所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证。经认证结果为“认证相符”并且已经抵扣增值税进项税额的，一般纳税人在填报《申请单》时不填写相对应的蓝字专用发票信息。主管税务机关对一般纳税人填报的《申请单》进行审核后，出具《开具红字增值税专用发票通知单》（以下简称《通知单》）。购买方必须暂依《通知单》所列增值税税额从当期进项税额中转出，未抵扣增值税进项税额的可列入当期进项税额，待取得销售方开具的红字专用发票后，与留存的《通知单》一并作为记账凭证。销售方凭购买方提供的《通知单》开具红字专用发票，在防伪税控系统中以销项负数开具。
据此，贵单位应按照上述文件的规定要求对方单位开具红字专用发票。

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