公司收到的拆迁补偿收入涉及到哪些税收问题？

我公司部分工厂拆迁，政府给予了拆迁补偿，并且将该部分土地通过市场拍卖等形式取得的土地转让部分收入给了我公司，请问我公司涉及到那些税收问题？
关于企业收到政府拨给的拆迁补偿，所涉及的主要税种有：营业税、企业所得税、土地增值税。
1、营业税：
（1）《营业税暂行条例》第一条规定：“在中华人民共和国国境内提供本条例规定的劳务、转让无形资产或者销售不动产的单位和个人，为营业税的纳税义务人，应当依照本条例缴纳营业税。”和《营业税税目注释》第八条：转让无形资产，是指转让无形资产的所有权或使用权的行为。本税目的征收范围包括：转让土地使用权。”所以A公司出售土地使用权应缴纳营业税。
（2）《关于营业税若干政策问题的通知》（财税〔2003〕16号）规定：“单位和个人销售或转让其购置的不动产或受让的土地使用权，以全部收入减去不动产或土地使用权的购置或受让原价后的余额为营业额。”
（3）一些地方的税务机关自行制定了一些搬迁补偿款项营业税税务处理的规定。例如福建省地方税务局《关于拆迁补偿业务征收营业税问题的通知》（闽地税发[2004]63号）规定：一、拆迁人给予被拆迁单位和个人补偿安置的房屋，不论其以何种方式结算价款，均属于营业税的征税范围，应按“销售不动产”征收营业税。拆迁人支付的拆迁补偿金应作为成本费用列支，不得冲减其“销售不动产”的计税营业额。二、被拆迁单位和个人因拆迁取得的房屋（或土地）拆迁补偿费及其他补助费或补偿安置的房屋，除下列两种情况外，均应征收营业税。1、被拆迁单位和个人取得政府财政部门支付的房屋（或土地）拆迁补偿费及其他补助费，暂免征收营业税。2、被拆迁个人因自用普通住房拆迁，所取得的补偿费或拆迁过程中发生的房屋等面积产权调换，暂免征收营业税。
我们建议贵公司在收取此款时，应及时与税务主管部门沟通确定如何处理缴纳营业税。
2、企业所得税：
贵公司收到政府拆迁款所得税如何处理，请参见《财政部关于企业收到政府拨给的搬迁补偿款有关财务处理问题的通知》财企[2005]123号和《财政部、国家税务总局关于企业政策性搬迁收入有关企业所得税处理问题的通知》财税[2007]61号。
3、土地增值税：
根据《土地增值税暂行条例》第8条规定，因国家建设需要依法征用、收回的房地产免征土地增值税。《土地增值税暂行条例实施细则》第11条进一步规定：此处所称的因国家建设需要依法征用、收回的房地产，是指因城市实施规划、国家建设的需要而被政府批准征用的房产或收回的土地使用权。根据《土地增值税暂行条例实施细则》第11条规定，符合上述免税规定的单位和个人，须向房地产所在地税务机关提出免税申请，经税务机关审核后，免予征收土地增值税。

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