两个案例看明白跨地区经营企业备案手续

王小五
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我公司总公司位于北京，在外省有一分支机构，2016年度享受研发费用加计扣除税收优惠，请问该如何进行备案？由总机构备案还是分支机构备案？
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李小男
答：根据《税务总局关于发布的公告》（税务总局公告2015年第76号）第十四条的规定，跨地区（省、自治区、直辖市和计划单列市）经营汇总纳税企业的优惠事项，按以下情况办理：
（一）分支机构享受所得减免、研发费用加计扣除、安置残疾人员、促进就业、部分区域性税收优惠（西部大开发、经济特区、上海浦东新区、深圳前海、广东横琴、福建平潭），以及购置环境保护、节能节水、安全生产等专用设备投资抵免税额优惠，由二级分支机构向其主管税务机关备案。其他优惠事项由总机构统一备案。 ?
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（二）总机构应当汇总所属二级分支机构已备案优惠事项，填写《汇总纳税企业分支机构已备案优惠事项清单》，随同企业所得税年度纳税申报表一并报送其主管税务机关。
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因此，该公司享受研发费用加计扣除税收优惠，应由分支机构向当地主管税务机关备案。总机构应当汇总所属二级分支机构已备案优惠事项，填写《汇总纳税企业分支机构已备案优惠事项清单》，随同企业所得税年度纳税申报表一并报送其主管税务机关。
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小明
我公司总公司位于北京，在外省有一分支机构，2016年度享受软件企业“两免三减半”的税收优惠，请问该如何进行备案？由总机构备案还是分支机构备案？
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小美
答：根据《税务总局关于发布的公告》（税务总局公告2015年第76号）第十四条的规定，跨地区（省、自治区、直辖市和计划单列市）经营汇总纳税企业的优惠事项，按以下情况办理：
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分支机构享受所得减免、研发费用加计扣除、安置残疾人员、促进就业、部分区域性税收优惠（西部大开发、经济特区、上海浦东新区、深圳前海、广东横琴、福建平潭），以及购置环境保护、节能节水、安全生产等专用设备投资抵免税额优惠，由二级分支机构向其主管税务机关备案。其他优惠事项由总机构统一备案。
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由于该公司享受的软件企业“两免三减半”的税收优惠，为税率优惠，不属于所得减免，也不属于二级分支机构向其主管税务机关备案的其他类型，所以应由由总机构统一备案。
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所得减免相关知识：
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所得减免主要根据《企业所得税法》第二十七条：企业的下列所得，可以免征、减征企业所得税：
(一)从事农、林、牧、渔业项目的所得；
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(二)从事重点扶持的公共基础设施项目投资经营的所得；
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(三)从事符合条件的环境保护、节能节水项目的所得；
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(四)符合条件的技术转让所得。

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